根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合厦门大学学科建设和产业布局调整的总体要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2000年5月8日，厦门大学在深圳注册成立具有独立法人资质的事业机构“厦门大学深圳研究院”(简称厦大深研院)。
       自成立以来，深研院一直秉承厦门大学“自强不息，止于至善”的校训，坚持“立足深圳、服务全球”的理念，围绕“创建具有国际影响力的产学研服务机构”这一发展目标，不断完善人才培养体系，强化科技研发和科研成果转化，逐步构建“以问题为导向、以需求为导向、以目标为导向，企业为主体，人才为核心，政、产、学、研、资、用相结合”的科教服务体系。业务范围涵盖科技研发、校友服务、产业孵化等，通过与地方政府签署市校战略合作协议，展开学术论坛，实现多层次交流与合作。先后成立了“近海海洋环境国家重点实验室深圳研发中心”、“滨海湿地生态系统教育部重点实验室深圳研发中心”等多个专业咨询及服务机构。2020年，我院获批博士后创新实践基地；2022年，科研平台实现突破，成功获批“自然资源部-东南沿海海洋信息智能感知与应用重点实验室”，不仅实现了将厦门大学的优势学科和科技资源引入深圳、服务深圳的目的，还加速推进了深圳研究院成为实体化研究机构的转型发展。
       作为厦门大学在深圳的文化窗口、粤港澳大湾区校友沟通联系的桥梁、学校加强产学研结合、推进科技成果转化的试验田。截至2023年2月，深研院共有办公面积620㎡，行政人员17人，科研人员138位，其中长江学者1人、国家杰出青年基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者7人，有在研项目的科技人员108人。累计承担国家、省、市、区及企业委托项目273项，立项科研经费9338.45万元；申请各项专利239项；软件著作权9项；发表论文907篇，其中SCI收录630篇，EI收录135篇。累计招收各类学生近万名。2021-2022年，我院在到账科研经费、专利数、项目数等方面成果显著，累计承担国家、省、市、区及企业委托项目67项，立项科研经费3593.21万元；申请各项专利71项；发表论文208篇，其中SCI收录207篇，EI收录38篇。历经二十余年发展，研究院建立了较为完善的教育、科研服务、校友服务和产业孵化器体系，并连续五年被深圳市评为“优秀研究院”。
       厦门大学深圳研究院将牢牢把握住粤港澳大湾区和中国特色社会主义先行示范区“双区驱动”的建设机遇，在改革开放的热土上孜孜探索体制机制创新，不断冲击国际科学前沿，前瞻布局战略性新兴产业，不断多方位促进科教融合和创新发展。